文章信息
文章題目：Targeting TFAP2β condensation suppresses the development of esophageal squamous cell carcinoma
期刊：Cell
發(fā)表時(shí)間：2025 年 12 月 16 日
主要內(nèi)容：四川大學(xué)華西醫(yī)院姜昊、楊錦林、楊麗和柯博文團(tuán)隊(duì)與牛津大學(xué) David Kerr 團(tuán)隊(duì)合作，在 Cell 上發(fā)表題為“Targeting TFAP2β condensation suppresses the development of esophageal squamous cell carcinoma”的研究論文。該研究通過改進(jìn) ATAC-seq 建庫技術(shù)，首次在早期 ESCC 組織中系統(tǒng)解析染色質(zhì)可及性與轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，鎖定轉(zhuǎn)錄因子 TFAP2β 為關(guān)鍵下調(diào)分子，并揭示其通過相分離形成核內(nèi)凝聚體，進(jìn)而抑制下游致癌基因 ZNF131 的表達(dá)，調(diào)控 ESCC 進(jìn)展。更令人振奮的是，團(tuán)隊(duì)通過虛擬篩選發(fā)現(xiàn)小分子化合物 A6，可特異性增強(qiáng) TFAP2β 的相分離能力，在細(xì)胞、小鼠及人源類器官模型中均表現(xiàn)出顯著抗腫瘤效果。
原文鏈接：
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(25)01315-7
使用TransGen產(chǎn)品：
? pEASY? -Uni Seamless Cloning and Assembly Kit (CU101)
? Trans5α Chemically Competent Cell (CD201)
? BL21(DE3) Chemically Competent Cell (CD601)
背景介紹
食管鱗狀細(xì)胞癌（ESCC）在食管癌中最為常見，約占全部病例的 90%，致死率高且治療手段有限。目前臨床采用手術(shù)、放化療及抗 HER-2、PD-L1 等靶向療法，但總體效果仍不理想，患者五年生存率較低。近年來，液-液相分離（LLPS）作為一種形成細(xì)胞內(nèi)無膜細(xì)胞器的重要機(jī)制，被發(fā)現(xiàn)廣泛參與基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)及疾病發(fā)生過程，正逐步成為干預(yù)疾病的新潛在靶點(diǎn)。
文章概述
TFAP2β 的發(fā)現(xiàn)之路
研究團(tuán)隊(duì)針對(duì)臨床樣本量有限、ATAC-seq建庫技術(shù)難度大的問題，通過系統(tǒng)性優(yōu)化建庫流程，將建庫成功率提升至 80% 以上。在此基礎(chǔ)上，他們對(duì) 28 例早期 ESCC 患者的癌組織及癌旁組織同時(shí)進(jìn)行了 ATAC-seq 和 RNA-seq 分析。通過多組學(xué)數(shù)據(jù)分析，發(fā)現(xiàn) TFAP2β 是癌組織中一致性下調(diào)的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子，其低表達(dá)水平與患者不良預(yù)后相關(guān)。
TFAP2β 不僅轉(zhuǎn)錄因子，還是個(gè)“相分離能手”
TFAP2β 蛋白包含介導(dǎo)相分離的關(guān)鍵結(jié)構(gòu)域——內(nèi)在無序區(qū)（IDR），研究表明，在正常食管上皮細(xì)胞核內(nèi)，TFAP2β 能夠形成動(dòng)態(tài)的液滴狀凝聚體；而在 ESCC 細(xì)胞中，這一凝聚現(xiàn)象顯著減弱。研究團(tuán)隊(duì)通過細(xì)胞內(nèi) FRAP、CLEM、體外重組蛋白液滴形成、FRAP、fusion、DLS 等多角度實(shí)驗(yàn)，系統(tǒng)驗(yàn)證了 TFAP2β 的相分離特性。進(jìn)一步機(jī)制探索發(fā)現(xiàn)，其相分離能力依賴于 IDR2 中保守的帶正電荷氨基酸殘基：一旦這些殘基發(fā)生突變，TFAP2β 不僅喪失凝聚能力，其抑癌功能也明顯下降。
凝聚體招募 NFIX 和 ID4、抑制致癌基因
進(jìn)一步研究揭示，TFAP2β 凝聚體能夠特異性地結(jié)合下游靶基因 ZNF131 的啟動(dòng)子區(qū)域，并抑制其轉(zhuǎn)錄活性。ZNF131 在 ESCC 中呈現(xiàn)高表達(dá)，具有促進(jìn)腫瘤發(fā)展的作用。此外，TFAP2β 凝聚體還能協(xié)同招募 NFIX 和 ID4 這兩種在 ESCC 中表達(dá)下調(diào)的轉(zhuǎn)錄因子，增強(qiáng)它們與 DNA 的結(jié)合能力，從而協(xié)同調(diào)控基因表達(dá)。這一發(fā)現(xiàn)提示，相分離現(xiàn)象可能是 ESCC 中轉(zhuǎn)錄調(diào)控的一個(gè)普遍機(jī)制。
從機(jī)制到療法：小分子 A6 促凝聚，實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)打擊
基于 TFAP2β 的結(jié)構(gòu)特征，研究團(tuán)隊(duì)通過構(gòu)建虛擬篩選體系，從化合物庫中成功篩選出能增強(qiáng)其相分離能力的小分子 A6。結(jié)構(gòu)模擬與氫氘交換質(zhì)譜分析顯示，A6 結(jié)合在 TFAP2β 的 DNA 結(jié)合結(jié)構(gòu)域附近，借助 Arg382 與 Asn380 兩個(gè)關(guān)鍵殘基穩(wěn)定蛋白構(gòu)象，從而間接促進(jìn) IDR2 有序化并增強(qiáng)相分離。在 ESCC 細(xì)胞、小鼠移植瘤模型以及患者來源類器官實(shí)驗(yàn)中，A6 均能顯著促進(jìn) TFAP2 在核內(nèi)形成凝聚體，有效抑制細(xì)胞增殖、遷移和侵襲，并誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡，且對(duì)正常食管上皮細(xì)胞影響較小。值得注意的是，在 TFAP2β 敲除或突變細(xì)胞中，A6 的抗腫瘤作用基本消失，證明其療效高度依賴于 TFAP2β 的相分離功能。
該研究不僅揭示了 TFAP2β 相分離在 ESCC 轉(zhuǎn)錄調(diào)控與腫瘤抑制中的雙重功能，更首次提出了“通過小分子調(diào)控轉(zhuǎn)錄因子相分離”的 ESCC 靶向治療新策略。A6 作為首個(gè)針對(duì) ESCC 相分離機(jī)制的候選化合物，顯示出良好的細(xì)胞與動(dòng)物水平療效，為后續(xù)臨床轉(zhuǎn)化提供了重要依據(jù)。
全式金生物產(chǎn)品支撐
優(yōu)質(zhì)的試劑是科學(xué)研究的利器。全式金生物的通用版同源重組無縫克隆試劑盒（CU101）、Trans5α 克隆感受態(tài)細(xì)胞（CD201）和 BL21(DE3) 感受態(tài)細(xì)胞 (CD601) 助力本研究。產(chǎn)品自上市以來，深受客戶青睞，多次榮登知名期刊，助力科學(xué)研究。
pEASY? -Uni Seamless Cloning and Assembly Kit (CU101)
本產(chǎn)品利用特殊的重組酶和同源重組的原理，可以將任意方法線性化后的載體和與其兩端具有 15-25 bp 重疊區(qū)域的 PCR 片段定向重組，可以實(shí)現(xiàn)最多 15 個(gè)片段的高效無縫拼接。
產(chǎn)品特點(diǎn)
? 陽性率高，克隆數(shù)多。
? 高效連接：最高可實(shí)現(xiàn) 15 個(gè)片段無縫連接。
? 快速重組：5-15 min 即可完成反應(yīng)。
? 大容量組裝：可成功構(gòu)建 31.8 kb 的質(zhì)粒 (載體+片段)。
? 長(zhǎng)載體組裝：支持 14 kb 長(zhǎng)載體組裝。
? 廣譜兼容：支持低濃度 (0.003 pmol) 單片段、多片段高效連接。
? 提供在線引物設(shè)計(jì)軟件：智能在線工具，快速生成高特異性引物。
Trans5α Chemically Competent Cell (CD201)
本產(chǎn)品經(jīng)特殊工藝制作，可用于 DNA 的化學(xué)轉(zhuǎn)化。使用 pUC19 質(zhì)粒 DNA 檢測(cè)，轉(zhuǎn)化效率高達(dá) 108 cfu/μg DNA 以上。
產(chǎn)品特點(diǎn)
? 適用于藍(lán)白斑篩選。
? rec A1 和 end A1 的突變有利于克隆 DNA 的穩(wěn)定和高純度質(zhì)粒 DNA 的提取。
BL21(DE3) Chemically Competent Cell (CD601)
本產(chǎn)品經(jīng)特殊工藝制作，可用于 DNA 的化學(xué)轉(zhuǎn)化。使用 pUC19 質(zhì)粒 DNA 檢測(cè)，轉(zhuǎn)化效率高達(dá) 107 cfu/μg DNA。使用 Control Plasmid I (Amp+) 用于檢測(cè)細(xì)胞是否具有表達(dá)功能，表達(dá)蛋白大小為 25 kDa。
產(chǎn)品特點(diǎn)
? 該菌株用于 T7 RNA 聚合酶為表達(dá)系統(tǒng)的高效外源基因的蛋白表達(dá)宿主，T7 噬菌體RNA 聚合酶基因的表達(dá)受控于 λ 噬菌體 DE3 區(qū)的 lacUV5 啟動(dòng)子，該區(qū)整合于 BL21 的染色體上。
? 該菌株適合于非毒性蛋白的表達(dá)。
全式金生物的產(chǎn)品再度亮相 Cell 期刊，不僅是對(duì)全式金生物產(chǎn)品卓越品質(zhì)與雄厚實(shí)力的有力見證，更是生動(dòng)展現(xiàn)了全式金生物長(zhǎng)期秉持的“品質(zhì)高于一切，精品服務(wù)客戶”核心理念。一直以來，全式金生物憑借對(duì)品質(zhì)的執(zhí)著追求和對(duì)創(chuàng)新的不懈探索，其產(chǎn)品已成為眾多科研工作者信賴的得力助手。展望未來，我們將持續(xù)推出更多優(yōu)質(zhì)產(chǎn)品，期望攜手更多科研領(lǐng)域的杰出人才，共同攀登科學(xué)高峰，書寫科研創(chuàng)新的輝煌篇章。
使用 pEASY? -Uni Seamless Cloning and Assembly Kit（CU101）產(chǎn)品發(fā)表的部分文章：
? Xu Y, Zhu T F. Mirror-image T7 transcription of chirally inverted ribosomal and functional RNAs[J]. Science, 2022.(IF 63.71)
? Deng Z, Pu L, Deng K, et al. Targeting TFAP2β condensation suppresses the development of esophageal squamous cell carcinoma[J]. Cell, 2025.(IF 42.50)
? Zhu Z, Wang Y, Liu S, et al. Genomic atlas of 8,105 accessions reveals stepwise domestication, global dissemination, and improvement trajectories in soybean[J]. Cell, 2025.(IF 42.50)
? Shi J, Mei C, Ge F, et al. Resistance to Striga parasitism through reduction of strigolactone exudation[J]. Cell, 2025.(IF 42.50)
? Bai X, Sun P, Wang X, et al. Structure and dynamics of the EGFR/HER2 heterodimer[J]. Cell Discovery, 2023.(IF 38.07)
? Wang H, Yang J, Cai Y, et al. Macrophages suppress cardiac reprogramming of fibroblasts in vivo via IFN-mediated intercellular self-stimulating circuit[J]. Protein & Cell, 2024.(IF 21.10)
? Xu J, Liang Y, Li N, et al. Clathrin-associated carriers enable recycling through a kiss-and-run mechanism[J]. Nature Cell Biology, 2024.(IF 17.30)
? Li B, Zhu L, Lu C, et al. circNDUFB2 inhibits non-small cell lung cancer progression via destabilizing IGF2BPs and activating anti-tumor immunity[J]. Nature communications, 2021.(IF 14.92)
? Shi C, Yang X, Hou Y, et al. USP15 promotes cGAS activation through deubiquitylation and liquid condensation[J]. Nucleic Acids Research, 2022.(IF 14.90)
? Wang J, An Z, Wu Z, et al. Spatial organization of PI3K-PI (3, 4, 5) P3-AKT signaling by focal adhesions[J]. Molecular Cell, 2024.(IF 14.50)
? Liu S, Fan L, Liu Z, et al. A Pd1–Ps–P1 feedback loop controls pubescence density in soybean[J]. Molecular plant, 2020.(IF 12.08)
? Jin Q, Yang X, Gou S, et al. Double knock-in pig models with elements of binary Tet-On and phiC31 integrase systems for controllable and switchable gene expression[J]. Science China Life Sciences, 2022.(IF 10.37)
? Mu S, Chen H, Li Q, et al. Enhancing prime editor flexibility with coiled-coil heterodimers[J]. Genome Biology, 2024.(IF 10.10)
? Du G, Xiong L, Li X, et al. Peroxisome elevation induces stem cell differentiation and intestinal epithelial repair[J]. Developmental cell, 2020. (IF 10.09)
? Tang Y, Gao C C, Gao Y, et al. OsNSUN2-mediated 5-methylcytosine mRNA modification enhances rice adaptation to high temperature[J]. Developmental cell, 2020.(IF 10.09)
使用 Trans5α Chemically Competent Cell (CD201) 產(chǎn)品發(fā)表的部分文章：
? Zhong S, Ding W, Sun L, et al. Decoding the development of the human hippocampus[J]. Nature, 2020.(IF 50.50)
? Deng Z, Pu L, Deng K, et al. Targeting TFAP2β condensation suppresses the development of esophageal squamous cell carcinoma[J]. Cell, 2025.(IF 42.50)
? Wang J L, Sha X Y, Shao Y，et al. Elucidating pathway-selective biased CCKBR agonism for Alzheimer's disease treatment[J]. Cell, 2025.(IF 42.50)
? Kang X, Li X R, Zhou J Q, et al. Extrachromosomal DNA replication and maintenance couple with DNA damage pathway in tumors[J]. Cell, 2025.(IF 42.50)
? Jiang Y, Dai A R, Huang Y W, et al. Ligand-induced ubiquitination unleashes LAG3 immune checkpoint function by hindering membrane sequestration of signaling motifs[J]. Cell, 2025.(IF 42.50)
? Ou X M, Ma C Y, Sun D J, et al. SecY translocon chaperones protein folding during membrane protein insertion[J]. Cell, 2025.(IF 42.50)
? Zhao Y, Ping Y Q, Wang M W, et al. Identification, structure and agonist design of an androgen membrane receptor[J]. Cell, 2025.(IF 42.50)
? Wen X, Shang P, Chen H D, et al. Evolutionary study and structural basis of proton sensing by Mus GPR4 and Xenopus GPR4[J]. Cell, 2025.(IF 42.50)
? Ma X J, Wang W, Zhang J Y, et al. NRT1.1B acts as an abscisic acid receptor in integrating compound environmental cues for plants[J]. Cell, 2025.(IF 42.50)
? Hu Q L, Liu H H, He Y J, et al. Regulatory mechanisms of strigolactone perception in rice [J]. Cell, 2024.(IF 45.50)
? Shang P, Rong N, Jiang J J, et al. Structural and signaling mechanisms of TAAR1 enabled preferential agonist design[J]. Cell, 2023.(IF 45.50)
? Jiang L, Xie X, Su N, et al. Large Stokes shift fluorescent RNAs for dual-emission fluorescence and bioluminescence imaging in live cells[J]. Nature Methods, 2023.(IF 36.10)
使用 BL21(DE3) Chemically Competent Cell (CD601)產(chǎn)品發(fā)表的部分文章：
? Huang Y, Yang J, Sun X, et al. Perception of viral infections and initiation of antiviral defence in rice[J]. Nature, 2025(IF 50.50)
? Chen C C, Yu Z P, Liu Z W, et al. Chanoclavine synthase operates by an NADPH-independent superoxide mechanism[J]. Nature, 2025.(IF 50.50)
? Wu K M, Xu Q H, Liu Y Q, et al. Neuronal FAM171A2 mediates a-synuclein fibril uptake and drives Parkinson’s disease [J]. Science, 2025.(IF 44.70)
? Deng Z, Pu L, Deng K, et al. Targeting TFAP2β condensation suppresses the development of esophageal squamous cell carcinoma[J]. Cell, 2025.(IF 42.50)
? Zhang J Y, Wang B, Xu H R, et al. Root microbiota regulates tiller number in rice[J]. Cell, 2025.(IF 42.50)
? Lu P, Cheng Y, Xue L, et al. Selective degradation of multimeric proteins by TRIM21-based molecular glue and PROTAC degraders[J]. Cell, 2024.(IF 45.50)
? Li H L, Zhang Y, Rao G, et al. Rift Valley fever virus coordinates the assembly of a programmable E3 ligase to promote viral replication[J]. Cell, 2024.(IF 45.50)
? Hu Q, Liu H, He Y, et al. Regulatory mechanisms of strigolactone perception in rice[J]. Cell, 2024.(IF 45.50)
? Lan Z, Song Z, Wang Z, et al. Antagonistic RALF peptides control an intergeneric hybridization barrier on Brassicaceae stigmas[J]. Cell, 2023.(IF 45.50)
? Li X, Zhang Y, Xu L, et al. Ultrasensitive sensors reveal the spatiotemporal landscape of lactate metabolism in physiology and disease[J]. Cell Metabolism, 2023.(IF 27.70)
? Yang C, Wang Z, Kang Y, et al. Stress granule homeostasis is modulated by TRIM21-mediated ubiquitination of G3BP1 and autophagy-dependent elimination of stress granules[J]. Autophagy, 2023.(IF 14.60)
? Wang D, Xu C, Yang W, et al. E3 ligase RNF167 and deubiquitinase STAMBPL1 modulate mTOR and cancer progression[J]. Molecular cell, 2022.(IF 14.50)
? Chen Y G, Li D S, Ling Y, et al. A cryptic plant terpene cyclase producing unconventional 18‐and 14‐membered macrocyclic C25 and C20 terpenoids with immunosuppressive activity[J]. Angewandte Chemie, 2021.(IF 16.10)
